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Varianti Sars-Cov-2: a che punto è il sequenziamento in Italia? Numeri, problemi e regioni (più o meno virtuose…)

Sequenziamento Italia

Covid: il sequenziamento è fondamentale per identificare mutazioni e conseguenti varianti, ma l’Italia (e non solo) sembra ancora non essere al passo con la velocità del virus. Ecco dati, confronti e commenti, con una classifica delle regioni virtuose

 

 

Omicron ce l’ha ricordato: per scoprire nuove varianti è fondamentale il sequenziamento, ovvero sequenziare la composizione genetica dei campioni virali ricavati dai tamponi positivi.

Il Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie (Ecdc), così come l’Organizzazione mondiale della sanità (Oms), avevano già suggerito ai Paesi di mantenere alta la guardia e aumentare i controlli fissando al 5% il target minimo dei tamponi positivi – il 10% sarebbe auspicabile.

Tuttavia, gli sforzi non sono ancora sufficienti. C’è un grande divario tra Paesi ricchi e poveri, ma anche in Europa – salvo rare eccezioni – non va tanto meglio. E l’Italia non rientra nelle eccezioni.

LA SCOPERTA DI OMICRON IN SUDAFRICA

La variante Omicron è stata identificata giovedì scorso in Sudafrica, dove solo lo 0,8% dei suoi campioni di virus viene sequenziato. E se con meno dell’1% di controlli è stata scoperta una variante con 32 mutazioni viene da pensare, ancora una volta, che la strategia vada realmente rafforzata.

IL SEQUENZIAMENTO NEL MONDO

Secondo un’analisi dei dati del Washington Post, citata da Repubblica, emerge che gli Stati Uniti stanno sequenziando e condividendo con altri Paesi il 3,6% dei propri campioni di coronavirus.

Gli States, ricorda il quotidiano, “sono al 20° posto tra i Paesi che hanno sequenziato 5.000 o più campioni. Un lavoro rilevante ma ancora al di sotto del tasso che secondo gli scienziati è necessario per rimanere al passo con i principali cambiamenti al virus”.

In Africa, solo il Kenya ha una percentuale di sequenziamento complessivamente più elevata.

L’India, per quanto abbia aumentato la sua capacità di sequenziamento, si ferma allo 0,2% dei campioni – ad aprile era lo 0,06%.

In Europa, scala la classifica l’Islanda con il 56,2% dei campioni di virus sequenziati. Altri esempi virtuosi sono il Regno Unito, la Germania e la Danimarca.

E IN ITALIA COME VA IL SEQUENZIAMENTO?

Il ministro della Salute Roberto Speranza venerdì scorso ha ricordato: “Abbiamo un programma di sequenziamento e delle ricerche su queste varianti, che vengono fatte costantemente. La stessa cosa avviene nella maggior parte dei Paesi europei. La cercheremo con ancora più insistenza, proveremo a intensificare ancora il sequenziamento nel nostro come negli altri Paesi”.

Nei giorni scorsi, il ministro ha comunque scritto alle Regioni per intensificare questa pratica.

Al momento, però, scrive Il Fatto Quotidiano, “i dati italiani disponibili sulla banca dati internazionale Gisaid, dove vengono caricati i risultati delle analisi dei test, sono desolanti: appena 76.029 sequenze di Sars-Cov-2 depositate dal 10 gennaio 2020, l’1,53% del totale dei tamponi positivi”.

IL DIVARIO REGIONALE

Il Sole24Ore fa sapere, invece, che la media nazionale nelle ultime settimane si è avvicinata al 5%, mentre a dicembre 2020 era del 2,7%. Restano, tuttavia, notevoli differenze a livello regionale.

“Dal 9 ottobre – secondo gli ultimi dati pubblicati dall’Istituto superiore di Sanità – solo in 5 Regioni i laboratori stanno sequenziando in media più del 5% dei tamponi positivi: si tratta di Lombardia (5,5%), Umbria (8,4%), Abruzzo (6,5%), Molise (15,4%) e Sardegna (16,7%)”, scrive sul Sole 24 Ore Marzio Bartoloni che segue da tempo i temi dell’economia sanitaria.

Ma tolti questi esempi che sicuramente alzano la media nazionale, “si scopre che altre sei Regioni praticamente non fanno il sequenziamento dei tamponi: la Toscana è addirittura allo 0% di tamponi sequenziati come la Liguria, il Piemonte allo 0,1% come la Puglia, il Veneto allo 0,3% e il Trentino allo 0,5%”, aggiunge il quotidiano economico-finanziario.

DOVE AVVIENE IL SEQUENZIAMENTO

Come ricordava Start qualche tempo fa, per il sequenziamento in Italia c’è una sorta di consorzio spontaneo: “L’analisi delle varianti viene effettuata dai laboratori delle singole regioni, sotto il coordinamento dell’Istituto Superiore di Sanità”.

Quello che sembra mancare è un coordinamento centrale, come sosteneva il genetista Marco Gerdol dell’università di Trieste. “A fine gennaio – scriveva Start – la Società di Virologia aveva annunciato la nascita di un consorzio per il monitoraggio. Tuttavia, la crisi del governo Conte II ha lasciato al palo il progetto”.

LA PIATTAFORMA I-CO-GEN E IL PRIMO CASO DI OMICRON IN ITALIA

A fine aprile è stata lanciata la piattaforma per la sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 I-Co-Gen, la stessa che sabato scorso ha identificato la presenza di alcune mutazioni che hanno portato al rintracciamento del primo caso di variante Omicron in Italia.

Il genoma era stato sequenziato presso il laboratorio di Microbiologia clinica, virologia e diagnostica delle Bioemergenze dell’Ospedale Sacco di Milano da un campione positivo di un soggetto proveniente dal Mozambico.

LA NUOVA TASK FORCE DELLO SPALLANZANI

“Il sequenziamento è fondamentale e in Italia si è continuato a farlo: ci permette di tracciare il virus e di gestire le situazioni complicate. Nei giorni scorsi è stata aperta una nuova task force allo Spallanzani, a Roma: stiamo mettendo in campo tutte le energie per il sequenziamento”, ha detto il sottosegretario alla Salute Andrea Costa. “Vi era una raccomandazione di arrivare al 5% [dei tamponi positivi sequenziati, ndr], che permette di avere una mappatura del virus. Dobbiamo incentivarla e incrementarla. Di fronte a una nuova variante diventa fondamentale”.

BENE MA NON BENISSIMO

Graziano Pesole, ordinario di Biologia molecolare dell’Università di Bari e coordinatore del ramo italiano del progetto di sequenziamento internazionale Elixir ha detto al Sole24Ore: “Rispetto ai primi mesi il sequenziamento è più efficiente e fluido, ma è tuttora delegato agli Ircss e agli Istituti zooprofilattici che fanno un grande lavoro, ma che hanno forze limitate”.

Quello che sosteneva ad aprile Gerdol sembra rimasto inascoltato, infatti, come fa notare il quotidiano economico, per quanto si sia a lungo parlato di una rete nazionale per il sequenziamento, utile oggi per la pandemia ma domani per tutta la medicina, non ve ne è ancora traccia “e ciascuno va avanti come può, con lo stesso personale e la stessa dotazione informatica di prima, e senza un vero, robusto coordinamento nazionale”.

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