Supercomputer al servizio della lotta al Coronavirus. Eni ha deciso di mettere a disposizione il suo supercalcolatore HPC5 nell’ambito del progetto europeo Exscalate4CoV, guidato dall’azienda biofarmaceutica Dompé, per cercare la terapia più efficiente per la cura di Covid-19.
Nell’ambito dello stesso progetto, Eni ha già avviato le attività di ricerca con Cineca. Tutti i dettagli.
IL SUPERCALCOLATORE
Partiamo dal protagonista. Lo strumento che Dompé e Cineca utilizzeranno nella lotta a Covid-19 è il supercalcolatore HPC5. Lanciato a febbraio, è in grado di effettuare 52 milioni di miliardi di operazioni matematiche in un secondo, permettendo una potenza di picco totale pari a 70 PetaFlop/s.
LA COLLABORAZIONE CON DOMPE’
A sfruttare questa velocità sarà l’azienda biofarmaceutica Dompé, capofila del progetto europeo Exscalate4CoV, al quale collaborano istituzioni e centri di ricerca italiani ed europei con l’obiettivo di individuare i farmaci più sicuri e (si spera) più efficaci nella lotta al Coronavirus.
DOMPE’
Dompè, nata nel 1940 come evoluzione di una tradizione farmaceutica che risale alla fine dell’Ottocento, è oggi un’azienda biofarmaceutica, guidata da Sergio Dompè, che svolge –come si legge sul sito– attività di ricerca nell’ambito di un network di oltre 300 centri e università in tutto il mondo, con cui abbiamo realizzato 27 clinical trial per oltre 2000 pazienti. Nel 2019 la società ha fatturato 450 milioni di euro.
IL PROGETTO
Il progetto Exscalate4CoV è finanziato da Horizon 2020, con 3 milioni di euro da parte della Commissione Europea. Dompè è alla guida del consorzio di ricerca, di cui fanno parte anche Politecnico di Milano (Dipartimento di Elettronica, Informazione e Bioingegneria); Consorzio Interuniversitario Cineca (Supercomputing Innovation and Applications), Università degli Studi di Milano (Dipartimento di Scienze Farmaceutiche), Katholieke Universiteit Leuven, International Institute Of Molecular And Cell Biology In Warsaw, Elettra Sincrotrone Trieste, Fraunhofer Institute for Molecular Biology and Applied Ecology, Bsc Supercomputing Centre, Forschungszentrum Jülich, Università Federico II di Napoli, Università degli Studi di Cagliari, Swiss Institute of Bioinformatics, Kth Royal Institute of Technology (Department of Applied Physics), Associazione BigData, Istituto Nazionale Di Fisica Nucleare, l’Istituto nazionale per le malattie infettive Lazzaro Spallanzani e Chelonia Applied Science.
LA COLLABORAZIONE CON ENI
Nell’ambito della collaborazione con Eni verrà effettuata con HPC5 “la simulazione dinamica molecolare di proteine virali ritenute rilevanti nel meccanismo di infezione da Covid-19, per identificare, mediante l’impiego di banche dati contenenti 10.000 composti farmaceutici noti, quelli più efficaci”.
Il supercalcolatore si attiverà anche nella “ricerca di nuove molecole specifiche anti-virali attraverso lo screening di miliardi di strutture”.
In pratica, in una prima fase del lavoro, Dompé userà le proteine modellate da Eni sui suoi sistemi di supercalcolo, applicandoli a una banca dati internazionale di 10.000 farmaci già noti e che hanno superato la fase pre-clinica per simulare a livello molecolare l’effetto dei farmaci sul virus e valutare l’eventuale inibizione nel processo di riproduzione del virus. Successivamente, con la stessa tecnica di “in-silico drug design”, verranno valutati miliardi di nuove molecole per cercare antivirali specifici.
COLLABORAZIONE CON CINECA
Nel progetto, Eni contribuisce ai lavori nell’ambito di una partnership con Cineca, un consorzio di ricerca Interuniversitario senza scopo di lucro formato dal Miur, 69 Università italiane e 11 Istituzioni pubbliche Nazionali (Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto Nazionale di Documentazione, Innovazione e Ricerca Educativa, Istituto Nazionale di Astrofisica, Istituto Nazionale di Fisica Nucleare, Istituto Nazionale di Ricerca Metrologica, Istituto Nazionale di Oceanografia e di Geofisica Sperimentale, Istituto nazionale per la valutazione del sistema educativo di istruzione e di formazione, Stazione Zoologica “Anton Dohrn”, Azienda Ospedaliera Universitaria Università della Campania Luigi Vanvitelli, Azienda Ospedaliera Universitaria Policlinico Paolo Giaccone, Palermo, Agenzia Nazionale di valutazione del sistema nazionale universitario e della ricerca).
ATTIVITA’ GIA’ AVVIATE
Eni e Cineca hanno già avviato le attività per la simulazione molecolare. Il sistema ibrido del supercomputer dovrebbe dare i primi risultati a breve termine.
LE PAROLE DI CLAUDIO DESCALZI
“In un momento di emergenza globale come l’attuale, dobbiamo mobilitare tutte le risorse disponibili con l’obiettivo di vincere la sfida che abbiamo davanti, e siamo onorati come Eni di poter dare il nostro contributo per provare a trovare delle soluzioni a questa sfida per l’umanità”, ha detto Claudio Descalzi, Amministratore Delegato di Eni.
LE PAROLE DI SANZIO BASSINI
“Ringraziamo Eni per il contributo prezioso, fiduciosi che questa collaborazione possa contribuire in modo significativo ad arrivare presto a un risultato e possa essere un modello anche per la ripresa”, sono state invece le parole di Sanzio Bassini, direttore dipartimento supercalcolo Cineca.
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