I ricercatori dell’Istituto di scienze dell’alimentazione (Isa) del Cnr di Avellino e dell’Università di Salerno hanno realizzato – grazie a spunti di riflessione emersi a seguito di incontri con il Joint Research Centre della Commissione europea – un’innovativa procedura bioinformatica per simulare le interazioni della proteina spike nella variante Omicron con gli anticorpi sviluppati dal nostro organismo per effetto delle vaccinazioni o di precedenti infezioni.
La procedura, oltre a poter spiegare l’elevata trasmissibilità di tale variante, potrà prevedere gli effetti di possibili nuove varianti sulle difese immunitarie già sviluppate. Lo studio è stato pubblicato sulla rivista accademica Molecules.
GLI OBIETTIVI DELLO STUDIO
I ricercatori hanno approfondito lo studio della proteina spike della variante Omicron con l’obiettivo di indagare due aspetti: da un lato comprendere come questa interagisce con il recettore ACE2 – cioè la via di ingresso nelle nostre cellule – dall’altro verificare se gli anticorpi sviluppati dall’organismo umano contro la proteina spike delle precedenti varianti riescono in qualche modo a riconoscerla.
LA PROCEDURA BIOINFORMATICA
Lo studio, riferiscono gli autori dell’articolo, ha richiesto la realizzazione di una procedura bioinformatica automatizzata con la quale è stato possibile simulare le variazioni degli amminoacidi della proteina spike presenti nella variante Omicron.
Una volta ottenuti i modelli dell’interazione della nuova proteina spike con gli anticorpi sulla base di oltre 150 modelli molecolari di complessi spike-anticorpo già noti per le precedenti varianti del virus, è possibile analizzare le caratteristiche dell’interazione e osservare come la nuova proteina spike possa essere riconosciuta o meno dagli anticorpi sviluppati contro le vecchie varianti.
I RISULTATI
“Il lavoro svolto ha dimostrato che molti anticorpi già presenti nel nostro organismo possono riconoscere anche la proteina spike della variante Omicron, sebbene con alcune differenze nelle interazioni molecolari che si possono formare”, ha spiegato Angelo Facchiano del Cnr-Isa, responsabile dello studio insieme ad Anna Marabotti per l’Università di Salerno.
“Inoltre, studiando anche il meccanismo d’interazione con il recettore ACE2 – prosegue Facchiano -, abbiamo evidenziato alcune differenze rispetto alla proteina spike delle varianti precedenti, offrendo una possibile interpretazione della maggiore facilità di trasmissione della variante Omicron”.
PREVISIONI SUGLI ANTICORPI IN CASO DI NUOVE VARIANTI
Tale ricerca, affermano i ricercatori, potrà avere importanti implicazioni anche in vista della comparsa di nuove varianti: la procedura bioinformatica messa a punto, infatti, potrà essere utilizzata per simulare le sostituzioni di amminoacidi presenti in nuove varianti e dare in poco tempo una previsione degli effetti in termini di capacità delle difese immunitarie offerte dagli anticorpi già presenti nel nostro organismo – sviluppati per effetto delle vaccinazioni o di precedenti infezioni – di contrastare una eventuale nuova variante.
UTILE PER IL FUTURO
“Con questa procedura – riferiscono gli studiosi – sono state sufficienti poche settimane dalla scoperta della variante Omicron e dalla dichiarazione di ‘Variant Of Concern’ da parte dell’Organizzazione Mondiale della Sanità per ottenere i risultati circa le interazioni degli anticorpi”.
Per gli autori della ricerca si tratta quindi di “uno strumento che potrà essere efficacemente messo a disposizione della comunità scientifica in caso di nuove varianti del virus”.
Interesse in questo senso per la procedura messa a punto è stato espresso anche dal Joint Research Centre della Commissione europea.
